1 monográfia, mintegy 50 egyéb publikáció, tanulmány, tudományos közlemény
A legfontosabb 30 publikáció:
A békés-csanádi szlovákok önkéntes második világháború utáni migrációja és ennek napjainkigtartó hatása. In: Novák L. (szerk.): Tradicionális kereskedelem és migráció az Alföldön. Nagykőrös, Arany János Közleményei XI. 2008. 463–484. o.
Kugler József – Gombos János: Fejezetek a magyarországi szlovákok 300 éves történetéből – különös tekintettel a 20. századra. In: Uhrin E. és Zsilák M. (szerk.): A szlovák nyelv Magyarországon I–II. Békéscsaba, Magyarországi Szlovákok Kutatóintézete, 2008. II. köt. 315–365. o. (a tanulmány szlovák és magyar nyelven egy kiadásban)
Výmena obyvateľstva a Slováci na Juhovýchodnej Dolnej Zemi. In: S. Bajaník et al. (szerk.): Slováci v zahraničí 24. Mať volá II. Martin, Matica slovenská, 2008. 115–128. o.
A II.világháború utáni népességmozgások hatása Mezőberény etnikai és vallási összetételére. In: Cholnoky Gy. (szerk.): Földönfutók – A Magyarországot érintő kényszerkitelepítések a II. világháború alatt és után. Budapest, Lucidus Kiadó, 2008. 157–191. o.
A régiótörténet-írás néhány kérdése a Kárpát-medence régiói sorozat kapcsán. - Közép-európai Közlemények. 2008. 1. 1. sz. 106–109. o.
Djurdev, S. Branislav – Pavić, Dragoslav – Cvetanović, Milan – Mészáros Minucsér – Kugler József. Az oktatás-képzés, átképzés szerepe a Magyarkanizsai község és a Homokháti kistérség népességmegtartásában és a határon átívelő kapcsolatok erősítésében. In: Timár J. (szerk.): Határkonstrukciók magyar–szerb vizsgálatok tükrében: Békéscsaba, MTA RKK Alföldi Tudományos Intézet Békéscsabai Osztály, 2007. 95–113. o.
A felvidéki magyarok magyarországi letelepítése. In: Molnár I. – Szarka L. (szerk.): Otthontalan emlékezet. Emlékkönyv a csehszlovák – magyar lakosságcsere 60. évfordulójára. Komárom, MTA Kisebbségkutató Intézet – Kecskés László Társaság, 2007. 114–126. o.
A Vajdaság településhálózatának sajátosságai. In: Nagy I.(szerk.): Vajdaság – A Kárpát-medence régiói 7. Pécs–Budapest, MTA RKK – Dialóg Campus, 2007. 225–255. o.
A történeti emlékezet felélesztése. A magyar–csehszlovák lakosságcsere 60. évfordulójára emlékezve. Bárka (Irodalmi, művészeti és társadalomtudományi folyóirat), 2007. 15. 4. 69–75. o.
„Hej, a Kriván alatt ott szép a világ…” A magyarországi szlovákok áttelepülése. Rubicon (Történelmi Magazin) 2007. 1–2. sz. 88–97. o.
Nehéz honcsere. In Napút (Irodalom, művészet, környezet) Szondi Gy. (főszerk.): 2007. 9. 7. sz. 12–19. o.
Hornokné Uhrin Erzsébet – Kugler József: Magyarországi szlovák fiatalok elhelyezkedési sélyei Békés megyében. In: Máthé I. – Micheller M. (szerk.): Perspective (Tudományos és kulturális folyóirat): Arad–Békéscsaba–Banská Bystrica, 2005. 9. 9. sz. 109–122. p.
A határ menti települések együttműködésének lehetőségei és korlátai az ezredfordulón (Békés és Arad megyei tapasztalatok). In: Gulyás László és Baló Tünde (szerk.): Európai kihívások III. tudományos konferencia. Szeged, 2005. Szegedi Tudományegyetem SZÉF, 213–218. o.
Kugler József – Szabó Ferenc: Határ mentén: Békés és Arad megyék határ menti települései együttműködésének 10. évfordulóján. Békéscsaba, Typografika Kft. 2005. 176 p. + mellékletek, magyar és román nyelven (De-a lungul frontierei: La aniversarea a 10 ani de colaborare între localităţile de frontieră ale judeţelor Békés şi Arad)
Nagy Imre – Kugler József (szerk.): Lehet-e három arca e tájnak? A határon átívelő együttműködés lehetőségei a magyar–román–szerb hármas határ mentén. MTA RKK, Békéscsaba–Pécs 2004. 286 o.
Kugler József – Jovan Romelić – Szilágyi Györgyi: Települések (Kübekháza, Óbéb, Oroszlámos) a hármas határ mentén. In: Nagy I. és Kugler J. (szerk.): Lehet-e három arca e tájnak. Békéscsaba–Pécs, MTA RKK. 2004. 19–53. o.
Kárpótlásra várva (Gondolatok a felvidéki magyarok kárpótlásáról) - Magyar Szemle, 2004. 13. 5–6. sz. 90–109. o.
Felekezetileg is számba véve (A 2001. évi népszámlálás Békés megyei vallási-felekezeti vonatkozásai.) - Bárka, 2004. 3. sz. 79–81. o.
A letelepedéstől a kitelepülésig (Két sorsfordító esemény Csanádalberti történetéből). In Gyivicsán Anna – Éva Krekovičova – Uhrin Erzsébet (szerk.): A néprajztudomány szolgálatában – Köszöntőkönyv Krupa András 70. születésnapjára. Békéscsaba, Magyarországi Szlovákok Kutatóintézete, 2004. 484–499. o.
A Délkelet-Alföld településhálózatának néhány sajátossága és ennek hatása az etnikai térszerkezet alakulására. - Kisebbségkutatás 2002. 2. sz. 666–679. o.
Szlovákok áttelepítése Magyarországról. (A Csehszlovák Áttelepítési Bizottság toborzási akciói) – História, 2002. 2.sz. 12–15. o.
Az újrakezdés évei (Békés megye 1944–1948) – Bárka. 2001. 4. sz. 15–25. o.
Általános bevezető. In: Közép-Békés Békéscsaba, Gyula és kistérsége. Kőváry E. P. (szerk.) Budapest, CEBA Kiadó, 2000. 15–48. o.
A Horthy-korszak a vélemények kereszttüzében. - Bárka, 2000. 4. sz. 97–104. o.
Kugler, József – Dancs, László –Hajdú, Zoltán – Nagy, Imre – Szörényiné Kukorelli Irén: Hungary' s seven border regions. – Journal of Borderlands Studies, 15. 2000. 1. 251–264. o.
Lakosságcsere a Délkelet-Alföldön. 1944–1948. Budapest, Osiris, MTA Kisebbségkutató Műhely, 2000. 260 o. (Kisebbségek Kelet-Közép-Európában, 3.)
Menni vagy maradni? A kitelepülésre jelentkezett magyarországi szlovákok területi megoszlása, társadalmi összetétele. - Limes. 11. 1999. 1. 73–85. o.
Békésmegye településhálózatának változása a XVIII. századi újratelepítéstől napjainkig. In Kasza S., Kőváry E. P. (szerk.): Békés megye kézikönyve. Hatvan, CEBA Kiadó 1998. 70–74. o. (Magyarország megyei kézikönyvei)
A csehszlovák–magyar lakosságcsere lebonyolítása békés és Csanád megyében. - Regio, 7. 1996. 4. 47–73. o.
Kugler József – Hegedűs Pál: A földtulajdonviszonyok alakulása békés megyében különös tekintettel a földárverésekre. In: Baukó T. és Markó I. (szerk.): Az újrapolgárosodó Alföld. Gyula–Békéscsaba, Nagyatádi Szabó István Alapítvány, MTA Regionális kutatások Központja Alföldi Tudományos Intézet Békéscsabai Osztálya, 1995. 100–108. o.
Adatok és tények a magyar–csehszlovák lakosságcseréről. - Alföldi Társadalom, 1991. 2. 31–66. o.